prof. dr hab. n. med. Ewa Augustynowicz-Kopeć
Zakład Mikrobiologii
Sekretariat
Zakład Mikrobiologii wykonuje:
- diagnostykę gruźlicy płuc, pozapłucnej i mykobakterioz metodami mikrobiologicznymi i genetycznymi, identyfikację oraz oznaczanie lekowrażliwości prątków
- diagnostykę zakażeń Mycobacterium tuberculosis complex testami IGRA
- badania indywidualnego profilu wchłaniania leków przeciwprątkowych (INH, RMP, EMB), monitorowanie dawki leczniczej, oznaczanie biodostępności u chorych i zdrowych ochotników
- określanie dróg transmisji gruźlicy metodami biologii molekularnej
- badania aktywności przeciwprątkowej nowych leków
- badania aktywności przeciwprątkowej środków dezynfekcyjnych metodą własną (na szczepie M.tuberculosis) oraz wg normy PN-EN 14348:2006 (na szczepach M.avium oraz M.terrae)
- badania zakażeń układu oddechowego dorosłych chorych ze szczególnym uwzględnieniem mukowiscydozy i POChP
- diagnostykę zakażeń grzybiczych układu oddechowego
- diagnostykę dermatofitów
Zakres badań wykonywanych w Zakładzie Mikrobiologii:
Diagnostyka gruźlicy i mykobakterioz
- bakterioskopia i posiew materiału klinicznego
- wykrywanie materiału genetycznego M.tuberculosis complex w materiale klinicznym (ProbeTec, GeneXpert, Cobas TaqMan)
- wykrywanie materiału genetycznego M.tbc w bloczkach parafinowych
- identyfikacja i określanie oporności prątków atypowych z wykorzystaniem metod molekularnych
- oznaczanie wrażliwości na leki przeciwprątkowe (na pożywkach stałych i płynnych, metoda mikrorozcieńczeń, metody molekularne)
- identyfikacja oporności typu MDR i XDR metodami genetycznymi
- wykrywanie zakażenia prątkiem gruźlicy metodą immunologiczną-test IGRA (T-SPOT.TB oraz QuantiFERON Tb-Gold Plus)
- badania indywidualnego profilu wchłaniania leków przeciwprątkowych (INH, RMP, EMB), monitorowanie dawki leczniczej
- oznaczanie aktywności deaminazy adenozynowej (ADA)
- diagnostyka niepożądanych odczynów poszczepiennych (NOP) u dzieci (identyfikacja szczepów M.bovis BCG)
- identyfikacja podtypów M.kansasii
Diagnostyka mykologiczna
- posiew materiałów klinicznych
- wykrywanie zakażeń grzybiczych u chorych z mukowiscydozą
- identyfikacja i oznaczanie wrażliwości wyhodowanych gatunków grzybów
- wykrywanie antygenów krążących grzybów: Aspergillus, Candida, Cryptococcus neoformans
- poszukiwanie przeciwciał w surowicy krwi w kierunku: aspergilozy, kandydozy, choroby hodowców ptaków, płuca rolnika (farmera)
- badania w kierunku promieniowców tlenowych: Nocardia spp i beztlenowych: Actinomyces
- badania w kierunku dermatofitów
- konsultacje preparatów histopatologicznych
- diagnostyka grzybic rzadko występujących w Polsce: kryptokokoza, zygomykozy, scedosporioza, feo- i hyfomykozy
Diagnostyka bakteriologiczna
- posiew materiałów klinicznych w kierunku bakterii tlenowych i beztlenowych
- diagnostyka zakażeń układu oddechowego u chorych z przewlekłą obturacyjną chorobą płuc
- identyfikacja oraz oznaczanie wrażliwości i mechanizmów oporności wyizolowanych bakterii (metoda automatyczna- Vitek 2 compact, dyfuzyjno-krążkowa, oznaczanie MIC)
- badanie nosicielstwa
- identyfikacja ognisk epidemiologicznych
- badanie czystości mikrobiologicznej środowiska szpitalnego
- kontrola skuteczności dezynfekcji i sterylizacji
- prowadzenie banku szczepów M. tuberculosis complex
- analiza pokrewieństw genetycznych szczepów M.tbc w oparciu o metody biologii molekularnej – spoligotyping, MIRU VNTR i RFLP. Molekularne dochodzenia epidemiologiczne w grupie osób blisko spokrewnionych i przebywających w bliskim kontakcie (więźniowie, pensjonariusze domów opieki społecznej, bezdomni)
- weryfikacja chorych i szczepów o oporności MDR i XDR w Polsce
- wykrywanie mechanizmów oporności na pyrazynamid (pncA), izoniazyd (inhA, katG), ryfampicynę (rpoB), etambutol (embB), amikacynę i kapromycynę (rrs), fluorochinolony (gyrA) wśród szczepów Mycobacterium tuberculosis izolowanych od chorych na gruźlicę w Polsce
- ocena przydatności nowych metod genetycznych w mikrobiologicznym diagnozowaniu gruźlicy
- badania w kierunku gruźlicy przy użyciu testu IGRA T-SPOT.TB z BAL-u
i płynu z opłucnej - poszukiwanie nowych leków przeciwprątkowych w grupie antybiotyków ryfamycynowych (projekt realizowany przy współpracy PW, UM Gdańsk)
- diagnostyka mikrobiologiczna i molekularna gruźlicy bydlęcej u zwierząt hodowlanych w Polsce
- wykrywanie zdolności tworzenia biofilmu przez pałeczki Pseudomonas aeruginosa izolowane z dróg oddechowych dorosłych chorych na mukowiscydozę
Instrukcja pobierania i transportu materiału biologicznego do badań wykonywanych w Zakładzie Mikrobiologii, wzory skierowań w załącznikach:
- Pobranie i transport materiału biologicznego do badań diagnostycznych w kierunku gruźlicy (plwocina i materiały skąpoprątkowe)
- Pobieranie i transport krwi do testu IGRA T-SPOT.TB
- Pobranie i transport materiału biologicznego do badań mikologicznych
- Pobieranie, transport i przechowywanie materiału biologicznego do badań mikrobiologicznych
- Pobieranie krwi do badania indywidualnego profilu wchłaniania leków przeciwprątkowych (INH, RMP, EMB), monitorowanie dawki leczniczej
- Pobieranie płynu z opłucnej do badania aktywności deaminazy adenozyny
Wzory skierowań na badania wykonywane w Zakładzie Mikrobiologii: