Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej

Działalność Zakładu

Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej wykonuje badania na rzecz Klinik Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc oraz jednostek zewnętrznych w ramach działalności diagnostycznej, jak również programów naukowych. Rutynowo posługujemy się pełnym zakresem metod molekularnych, w tym met. real-time PCR, PNA-LNA PCR clamp, multiplex PCR oraz metodami immunodiagnostycznymi (immunocytochemia, immunofluorescencja, immunoenzymatyczna), fenotypowania (metoda ogniskowania izoelektrycznego) jak również metodami cytometrii, fluorymetrii i spektrofotometrii. Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej zarejestrowany jest w Ewidencji Laboratoriów Krajowej Izby Diagnostów Laboratoryjnych pod numerem identyfikacyjnym 2936. Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej bierze udział w krajowych i międzynarodowych programach kontroli jakości badań laboratoryjnych, potwierdzonych uzyskanymi certyfikatami (link do certyfikatów na stronie):

Programy Kontroli Jakości Badań Genetycznych w niedrobnokomórkowym raku płuca:

• European Molecular Genetics Quality Network (EMQN)
• United Kingdom National External Quality Assessment Service (UK NEQAS)
• European Society Of Pathology Quality Assurance Organization (ESPQA),
• Program kontroli jakości oceny patomorfologicznej preparatów diagnostycznych i analizy molekularnej mutacji genu EGFR (Institut für Pathologie, Akademisches Lehrkrankenhaus Feldkirch, Austria)
• Ogólnopolski Program Zewnętrznej Kontroli Jakości Testu ALK FISH (Abbott Molecular, Biovigen)

Międzynarodowy Program Zewnętrznej Oceny Jakości EQA QCMD (Quality Control for Molecular Diagnostics) (Glasgow, Szkocja) oraz EQA (External Quality Assessment) INSTAND e.V. (Düsseldorf, Niemcy) dla badań:

• Wykrywanie mutacji Pi*Z i Pi*S w genie SERPINA1 (diagnostyka niedoboru AAT)
• Wykrywanie materiału genetycznego wirusa grypy A i B,
• Wykrywanie materiału genetycznego wirusa CMV,
• Wykrywanie materiału genetycznego Pneumocystis jirovecii

Międzynarodowy Program Zewnętrznej Oceny Jakości (External Quality Assessment, EQA) Labquality (Helsinki, Finlandia)

• Określenie stężenie alfa-1antytrypsyny (AAT),
• Określenie aktywność enzymu konwertujący angiotensynę (ACE)

Działalność kliniczna

W Zakładzie Genetyki i Immunologii Klinicznej wykonywane są badania diagnostyczne:

Diagnostyka molekularna raka płuca:

• Wykrywanie mutacji w genie EGFR – diagnostyka mutacji aktywujących i oporności (ekson 18-21) receptora EGFR, met. PCR
• Rearanżacja genu ALK, met. FISH
  Badania wykonywane we współpracy z Zakładem Patomorfologii Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie, który zapewnia wstępna oceną jakościową materiału histologicznego.
  Badania dla wszystkich Placówek Opieki Zdrowotnej posiadających skierowanie od lekarza onkologa lub pulmonologa lub torakochirurga.
  Zgodnie z Zarządzeniem Nr 129/2016/DSOZ Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia z dnia 30 grudnia 2016 r., istnieje możliwość rozliczania w/w badań w ramach umowy szpitalnej (NFZ), diagnostyki genetycznej chorób nowotworowych z zakresu świadczeń: chirurgia klatki piersiowej i choroby płuc.
  W celu uzyskania informacji dotyczących zawarcia umowy na w/w badania genetyczne w diagnostyce raka płuca, pomiędzy IGiChP a jednostką zewnętrzną, prosimy o kontakt z sekretariatem Zakładu Genetyki i Immunologii Klinicznej, osoba do kontaktu Pani Izabela Misiak.

Diagnostyka wrodzonego niedoboru alfa-1 antytrypsyny (AATD), obejmuje:

• Oznaczenie stężenia alfa-1 antytrypsyny (AAT), met. nefelometryczna
• Określenie fenotypu AAT, met. IFE
• Określenie genotypu AAT:
  • Wykrywanie mutacji Pi*S i Pi*Z w genie SERPINA1, met. real time PCR
  • Analiza sekwencji eksonów 2,3,4 i 5 genu SERPINA1, met. sekwencjonowania
    BADANIE BEZPŁATNE dla osób z chorobami płuc posiadających skierowanie od lekarza
    Obowiązek wypełnienia i przesłania wraz ze skierowaniem na badanie „Deklaracji świadomej zgody na wykonanie badań genetycznych i przechowywanie pobranego materiału w diagnostyce wrodzonego niedoboru alfa-1 antytrypsyny (AATD)”

• Immunologiczna i cytologiczna ocena popłuczyn oskrzelowo – pęcherzykowych (BAL)
• Oznaczanie aktywności konwertazy angiotensyny I (ACE), met. kinetyczna
• Diagnostyka infekcji układu oddechowego:
  • Wykrywanie i identyfikacja wirusa grypy typu A i AH1N1/pdm09 oraz grypy typu B, met. real-time PCR
  • Wykrywanie i identyfikacja 20 patogenów oddechowych: Adenowirus (HAdV), Koronawirus (229E, HKU1, NL63, OC43), Ludzki metapneumowirus (HMPV), Wirus grypy typu A (podtyp: H1, H3, 2009 H1), Wirus grypy typuB; Wirus paragrypy typu 1, 2, 3, 4; Enterowirusy/Rinowirusy (HRV), Syncytialny wirus oddechowy (RSV) oraz Bordetella pertussis, Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae., met. multiplex PCR
  • Diagnostyka infekcji wywoływanych przez wirusa cytomegalii (CMV):
    • Oznaczenia antygenu pp65 CMV, met. immunofluorescencji pośredniej
    • Wykrywanie sekwencji genu kodującego białko ppUL83 (pp65) CMV, met. real time PCR
  • Diagnostyka infekcji wywoływanych przez Pneumoocystis jirovecii
    • Wykrywanie obecności oocyst Pneumocystis jirovecii, met. immunofluorescencji pośredniej
    • Wykrywanie obecności materiału genetycznego Pneumocystis jirovecii, met. real time PCR

Szczegółowe informacje dotyczące wykonywanych badań w ZGiIK (rodzaj materiału, metoda, zakres biologicznych wartości referencyjnych, godziny przyjęć materiałów) oraz czasu oczekiwania na wynik badania jak również wykaz osób do kontaktu, zawiera „Lista badań wykonywanych w Zakładzie Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc”

Podstawą do wykonania badania jest prawidłowo i czytelnie wypełnione skierowanie na badanie, dostarczone do laboratorium wraz z prawidłowo pobranym materiałem, zgodnie z „Instrukcją pobierania, przygotowania, przechowywania i transportu materiałów do badań w ZGiIK, pobieranych przez zleceniodawców zewnętrznych” oraz „Instrukcją pakowania materiału biologicznego” lub „Instrukcją nanoszenia próbki krwi żylnej na bibułę – diagnostyka AATD”

Działalność kliniczna

Wzory skierowań na badania wykonywane w ZGiIK poniżej:

• Skierowanie na badanie: Analiza cytologiczna i immunologiczna płynu z BAL.
• Skierowanie na badania: Aktywność ACE, Stężenie alfa1-antytrypsyny (AAT).
• Skierowanie na badanie diagnostyczne w kierunku niedoboru alfa-1antytrypsyny (AATD).
• Deklaracja świadomej zgody na wykonanie badań genetycznych i przechowywanie pobranego materiału w diagnostyce wrodzonego niedoboru alfa-1 antytrypsyny (AATD)
• Skierowanie na badanie: Diagnostyka molekularna raka płuca – mutacje w genie EGFR, rearanżacja genu ALK, rearanżacja genu ROS1.
• Skierowanie na badanie: Diagnostyka infekcji układu oddechowego

Działalność naukowo-badawcza

W ramach Zakładu Genetyki i Immunologii Klinicznej działa Krajowy Rejestr Chorych z Wrodzonym Niedoborem alfa1-Antytrypsyny.

Projekty badawcze prowadzone w Zakładzie:

• Poszukiwanie i analiza markerów molekularnych (mutacje, metylacja DNA, ekspresja mRNA) przydatnych we wczesnym diagnozowaniu, prognozowaniu i monitorowaniu efektów leczenia raka płuca i innych nowotworów klatki piersiowej, przy użyciu nowoczesnych technik molekularnych (metodyka: real-time PCR, RT-qPCR, sekwencjonowanie DNA, FISH, fluorymetria),
• Przydatność kliniczna pozakomórkowego DNA krążącego we krwi obwodowej w diagnozowaniu i ocenie efektywności leczenia niedrobnokomórkowego raka płuca (metodyka: real-time PCR, fluorymetria, sekwencjonowanie DNA),
• Rozpowszechnienie i optymalizacja algorytmu diagnozowania niedoboru alfa-1 antytrypsyny u chorych na przewlekłe choroby płuc i wątroby w Polsce (metodyka: nefelometria, ogniskowanie izoelektryczne PAGE, immunofiksacja, real-time PCR, sekwencjonowanie DNA);
• Analiza częstości występowania niedoboru alfa-1 antytrypsyny w populacji polskiej – masowe badania przesiewowe noworodków w województwie mazowieckim (metodyka: Dried Blood Spots, nefelometria, ogniskowanie izoelektryczne PAGE, real-time PCR, sekwencjonowanie DNA);
• Analiza aktywności biologicznej wariantów konformacyjnych alfa-1 antytrypsyny w warunkach in vitro i in vivo (metodyka: FRET, kolorymetria, ELISA, spektrofotometria, Western blot).
• Badania nad rolą procesów immunologicznych w patomechanizmie śródmiąższowych chorób płuc (metodyka: wielokolorowa cytometria przepływowa, ELISA, spektrofotometria, immunohistochemia, real-time PCR, fluorymetria).
• Ocena aktywności neutrofilowych proteinaz serynowych w popłuczynach oskrzelowo-pęcherzykowych pacjentów z śródmiąższowymi chorobami płuc (FRET, kolorymetria).

Granty:

• „Wpływ alfa-1 antytrypsyny na aktywność biologiczną granulocytów obojętnochłonnych: nowe mechanizmy regulacji przewlekłego stanu zapalnego w układzie oddechowym” grant finansowany przez NCN,
• „Opracowanie nowoczesnych biomarkerów oraz rozwój innowacyjnego inhibitora kinaz FGFR stosowanego w terapii nowotworów” – grant finansowany z NCBiR,
• „Profilowanie ekspresji mikroRNA jako potencjalnych markerów wrażliwości/oporności komórek niedrobnokomórkowego raka płuca in vitro na odwracalne i nieodwracalne inhibitory kinazy tyrozynowej EGFR z zastosowaniem sekwencjonowania następnej generacji” – grant finansowany z Naukowej Fundacji Polpharmy,
• „The Clinical Usefulness Of Plasma As Surrogate Specimen For Detection And Dynamic Monitoring Of EGFR T790M In NSCLC Patients On EGFR-TKI Therapy: The Assessment Of Feasibilitz In Dailz Clinical Practice „- grant nieograniczony inicjowany przez badacza finansowany przez AstraZeneca Pharma Poland.

Działalność dydaktyczna

Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej jest jednostką uprawnioną do prowadzenia „Stażu kierunkowego w pracowniach biologii molekularnej”, w ramach specjalizacji diagnostów laboratoryjnych w dziedzinie: Laboratoryjna Immunologia Medyczna.